Como organizar mis registros para publicar en GBIF
¿Qué es GBIF?
GBIF es la sigla para Global Biodiversity Information Facility (Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad). En palabras simples, es una plataforma que recopila información sobre especies y su distribución en el mundo de manera sistematizada, ya sea a través de Check-list de especies, registros en eventos de muestreos o registros biológicos.
En GBIF puedes encontrar información tanto registros realizados de manera in-situ, al igual de registros de colecciones de museos.
Muchos países están asociados a GBIF y están comprometidos con colaborar en el acceso a la información relacionada con la Biodiversidad, permitiendo que distintas entidades publiquen a través de plataformas gubernamentales o relacionadas a instituciones de investigación. En caso de BASE, existe el acceso a publicar a través de GBIF Chile.
GBIF esta conectada con la plataforma INaturalist, así los registros subidos a esa plataforma también son registrados en GBIF.
Toda la información registrada en GBIF se encuentra en archivos de tipo Darwin Core
¿Qué es un archivo Darwin Core (DwC-A)?
Un archivo Darwin Core (DwC-A) se compone generalmente de tres tipos de archivos:
- Archivo core (obligatorio): este corresponde a los datos que serán registrados (puedes revisarlos en la siguiente sección). Estos deben complir con el estandar Darwin Core, en manera simple, es un sistema de parámetros establecidos que deben tener los datos, por ejemplo, en lugar que la tabla con los registros diga “ESPECIE” , para identificar el nombre científico la columna tiene que tener por nombre “scientificName”. Aunque es posible tener nombre de columnas u otros descriptores en tus datos de manera personalizada y posteriormente cambiar el nombre de manera manual al publicar (mapear los datos DwC), la mejor práctica es utilizar de manera directa el estándar DwC, en la siguiente sección podrás ver cuales son los parámetros obligatorios y sugeridos que deben tener tus plantillas, con links externos para explorar que significa cada término, además de planillas para utilizar y ejemplos. Además puedes encontrar la planilla BASE para la publicación de registros biológicos.
- Archivo extensión (opcional): archivos que complementen la información que se registra en el archivo core, este también debe estar en formato DwC y tiene que estar identificado a que registro hace referencia del archivo core, un ejemplo puede ser una lista de nombres comunes para las especies registradas en un evento de muestreo.
- Meta-archivo descriptor (obligatorio): Es un archivo que describe los datos del core y de la extensión. Este es un archivo XML simple que se puede crear de manera directa en la plataforma GBIF, y describe que campo DwC está en cada columna.
- Metadatos del recurso (obligatorio): Un metadato es información sobre los datos (datos sobre datos), este contiene información de los autores, métodos de muestreo empleados, entre otra información. Esta se puede completar a través de la plataforma GBIF.
Tipo de datos para Publicar
Metadatos del recurso
Campos obligatorios de los metadatos
- título
- descripción
- Organización publicadora
- Tipo
- licencia
- contacto(s)
- creador(es)
- proveedor(es) de los metadatos
Campos de metadatos recomendados
- metodología de muestreo, en situaciones en las que los datos provienen de eventos de muestreo
- cita, para garantizar que su conjunto de datos se cite de la manera que desee
Registros biológicos
Campos DwC requeridos
Campos DwC recomendados
- taxonRank - para justificar el nombre científico (scientificName)
- kingdom - y otra taxonomía superior si es posible
- decimalLatitude & decimalLongitude & geodeticDatum - to provide a specific point location
- individualCount / organismQuantity & organismQuantityType - para registrar la cantidad de registros biológicos de una especie
Eventos de Muestreo
Campos DwC requeridos
- eventID, también es necesario para los datos de registros biológicos asociados (para vincularlos)
Campos DwC recomendados
- parentEventID, en situaciones en las que el evento es parte de una serie de eventos
- samplingEffort, para proporcionar evidencia del rigor del evento de muestreo
- locationID, en situaciones en las que la parcela/transecto muestreada tiene un identificador único
- decimalLatitude & decimalLongitude & geodeticDatum - to provide a specific point location
- footprintWKT & footprintSRS, para proporcionar una ubicación de forma específica
- occurrenceStatus, sólo para datos de registros biológicos asociados para registrar datos de presencia/ausencia.
Check-list
Campos DwC requeridos
Campos DwC recomendados
- kingdom - y otra taxonomía superior si es posible
- parentNameUsageID - en situaciones en las que se pretende publicar una taxonomía
- acceptedNameUsageID - en situaciones en las que se pretende publicar una taxonomía
Plantilla Instituto Milenio BASE
Como Instituto Milenio BASE se ha creado una planilla de registros biológicos, para asegurar la calidad de los datos que se publiquen como institución. En el documento, además de encontrar los datos que debes completar, se encuentra que significa cada uno de los campos.
Además se ha creado una planilla para la extensión relacionada con los archivos multimedia
Plantilla MMA
El ministerio de medio ambiente a creado una planilla base para la publicación de datos en GBIF además de los requerimientos de archivo de metadatos.
Además es posible descargar en formato de datapaper los datos compartidos en GBIF al descargarlos de manera directa del IPT del país seleccionado el formato RFT
Puedes revisar también el taller interno sobre la toma de datos de ocurrencia