Publicando datos de proteínas

Uniprot es una base de datos y recurso en línea que contiene información detallada sobre proteínas de diferentes organismos. Es mantenida por el consorcio UniProt, que combina tres bases de datos principales: UniProtKB (la base de conocimientos principal), UniRef (agrupa secuencias similares en diferentes organismos) y UniParc (almacena secuencias únicas y archiva versiones históricas de secuencias).

UniProt proporciona una interfaz web llamada SPIN. Cualquier secuencia de proteína determinada mediante la degradación de Edman o la interpretación manual de datos de espectrometría de masas es aceptable. Sin embargo, los datos de secuencia derivados mass fingerprinting de péptidos o de cualquier otra técnica de espectrometría de masas que dependa de búsquedas en bases de datos, o cualquier secuencia resultante de la traducción de secuencias de nucleótidos, no serán aceptados y deben enviarse a las bases de datos dedicadas apropiadas.

Información mínima requerida (RESUMEN)

Paso 1: Crear una nueva publicación

Para comenzar a subir los datos a la plataforma, se debe hacer click en “Create new submission”. Una vez iniciado el proceso de publicación, este puede suspender o finalizar más tarde en cualquier momento, haciendo click en “Finish later” al final del formulario.

Paso 2: Indicar el nombre de la proteína

Ejemplos:

• Neurotoxin 4 (Tf4).

• Unknown protein from 2D-page of liver tissue.

• Aspartylglucosaminidase alpha subunit.

Paso 3: Seleccionar el método de secuenciación utilizado para determinar la secuencia de aminoácidos.

En caso de que ninguna de las opciones disponibles se ajuste al enfoque experimental realizados, se puede seleccionar la opción “Other” y describir la metodología en forma acotada.

Paso 4: Especificar el tipo de secuencia, completa o fragmento.

Una secuencia completa puede significar una secuencia precursora completa o, más a menudo, una proteína o péptido maduro y funcional. Por ejemplo, la secuencia de aminoácidos de una proteína secretada menos su secuencia señal se consideraría completa ya que constituye una proteína/entidad funcional madura. Sin embargo, si ha determinado solo los diez aminoácidos N-terminales de una proteína que es mucho más larga, esto se considera un fragmento.

En caso de seleccionar la opción de secuencia fragmentada, luego de completar información sobre dicha frecuencia, se pueden agregar nuevas secuencias fragmentadas

Paso 5: Subir la secuencia de aminoácidos

Si se desea escribir la secuencia de aminoácidos, solo se debe copiar la cadena. En cambio, si se sube desde un archivo, la secuencia puede estan en formato FASTA; si el archivo contiene más de un secuencia en formato FASTA, sólo se reconoce el primero. SPIN acepta los códigos estándar de una letra de aminoácidos, así como los códigos no estándar U (selenocisteína) y O (pirrolisina).

Paso 6. Completar la información del organismo

• Scientific Name (Obligatorio)

• Common name

• Taxonomy ID (obtenido de NCBI)

• Strain (cepa, cultivo o variedad)

• Tissue (tejido o estado de desarrollo)

Paso 7: Añadir la cita

Existen varias opciones para agregar el artículo asociado a la secuencia que se va a publicar

• Unpublished: En caso de que la secuencia no se asocie con ninguna publicación, es necesario dar al menos el nombre de un autor y título.

• Published Journal Article: En caso de que el artículo ya este publicado. Es necesario entregar el título, lista de autores, nombre de la revista, volumen, páginas y año de publicación. De ser posible, también ingresar el Pubmed ID.

• Published Journal Article: En caso de artículos en proceso de revisión, es necesario dar detalles de manera similar al caso anterior pero sin el año ni Pubmed ID.

• Thesis: En caso de ser asociado a un trabajo de tesis. Es necesario entregar el título de la tesis, autor, año, institución y país.

Paso 8: Especificar las preferencias de confidencialidad

Hay tres opciones de confidencialidad que se pueden elegir. Sin embargo, los datos NO pueden mantenerse como confidenciales una vez publicado el artículo o tesis.

• Data may be published without further notice: Se libera después de dar el número de acceso. Puede tomar tiempo para aparecer en la base de datos.

• Data must be kept confidential until publication: Se libera después de ser publicado en un artículo. Es necesario contactar a los curadores dando detalles completos de la cita y asegurar que se libere de manera apropiada.

• Data may be made public after the specified date: Se libera en una fecha específica. Se puede contactar en caso de que sea necesario cambiar la fecha.

Paso 9: Subir los datos haciendo click en “Subimt” o teminar depués haciendo click en “Finish later”

Se generará un correo automático notificando que los datos fueron cargados , luego un curador se puede contactar para hacer preguntas sobre los datos o, en caso de que no existan dudad y los datos son válidos, se enviará el numero de acceso de UniProt

Lista de anotaciones

Lista de propiedades

Puedes revisar con mayor detalles las anotaciones y listas en el siguiente enlace: https://www.ebi.ac.uk/swissprot/Submissions/spin/help